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Teilweise geht das recht gut mit dem TotalCommander.
da kannst du z.B. auch nach Dateien mit identischer Dateigröße suchen, falls der Dateiname unterschiedlich geschrieben ist. Aber nach identischen Titel/Artist im MP3 Tag geht damit natürlich nicht. Dafür braucht man sicher noch ein anderes.
Ich hab mal ne Zeit lang den Songbird Media Player genommen und der hatte ein Plugin dafür. Damit hab ich meine Sammlung sortiert, vervollständigt und ausgemistet.