6. Nov 2008, 20:57

Human Proteome Folding Project
Bereich:	Biochemie
Ziel:	Strukturvorhersage menschlicher Proteine
Plattform:	BOINC
Website:	http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/human_proteome.html
Projektstatus
Status:	aktiv
Beginn:	16. Nov. 2004
Ende:	noch aktiv

Das Human Proteome Folding Project ist ein Projekt des World Community Grid für verteiltes Rechnen. Betrieben wird das Projekt von der New York University, dem Institut für Systembiologie und der University of Washington. Ziel dieses Projekts ist die de novo Strukturvorhersage menschlicher Proteine. Als Algorithmus findet die Software des Rosetta@home-Projekts Anwendung, die aufgrund sehr guter Ergebnisse bei dem CASP-Wettbewerb als sehr leistungsfähig gilt. Momentan läuft nach der abgeschlossenen Phase 1 eine sogenannte Phase 2, bei der medizinisch besonders wichtige Proteine genauer untersucht werden.

Am 10. Juli 2007 wurde bekannt, dass der erste Malaria-relevante Datensatz an Proteinen erfolgreich berechnet wurde.

Das Projekt basiert auf der BOINC-Infrastruktur, früher hat man einen eigenen Client eingesetzt, der allerdings eingestellt wurde. Die Infrastruktur des Projekts wurde von IBM gesponsert, es handelt sich allerdings nicht um ein kommerzielles Projekt, da alle Ergebnisse auch öffentlich zugänglich sind.

[Bearbeiten] Publikationen

• Malmstrom L, Riffle M, Strauss CE, Chivian D, Davis TN, Bonneau R, Baker D. (2007). Superfamily Assignments for the Yeast Proteome through Integration of Structure Prediction with the Gene Ontology. PLoS Biol. 2007 Mar 20;5(4):e76 [Epub ahead of print.]

• Bonneau R, Facciotti MT, Reiss DJ, Schmid AK, Pan M, Kaur A, Thorsson V, Shannon P, Johnson MH, Bare JC, Longabaugh W, Vuthoori M, Whitehead K, Madar A, Suzuki L, Mori T, Chang DE, Diruggiero J, Johnson CH, Hood L, Baliga NS. (2007). A predictive model for transcriptional control of physiology in a free living cell. Cell. 2007 Dec 28;131(7):1354-65.

[Bearbeiten] Weblinks

• Offizielle Homepage (englisch)
• Informationen zum Projekt auf der Homepage des Institus für Systembiologie (englisch)

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