Der Begriff stammt von dem englischen Begriff Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) ab. Er beschreibt die Erstellung einer quantitativen Beziehung zwischen einer pharmakologischen, chemischen, biologischen, physikalischen (z.B. Siedepunkt) Wirkung eines Moleküls mit seiner chemischen Struktur. Teilweise findet man in der Literatur auch die Bezeichnung QSPR, das Acronym für Quantitative Structure Property Relationship, hier beschränkt man sich darauf die Beziehung zwischen den physikalischen und chemischen Eigenschaften eines Moleküls und seiner Struktur darzustellen. Insbesondere im Bereich der Wirkstoffentwicklung und Cheminformatik finden diese Prinzipien eine breite Anwendung.
Erste Arbeiten in diesem Gebiet sind vermutlich bereits im Jahre 1842 durch Kopp (Lit.: Bonchev/Rouvray, 1990) entstanden, welcher eine lineare Beziehung zwischen den Siedepunkten von Alkanen mit deren Kettenlänge herstellte (Δt = 18 Grad).
Neuere Arbeiten beschäftigen sich mit der Kodierung von Molekülen für die Anwendung von Data-Mining-Techniken. Hierbei spielen zwei Aspekte eine wichtige Rolle:
Somit stellt die Cheminformatik eine sehr enge Verbindung zwischen chemischen Strukturen und moderner Informationsverarbeitung dar.