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Falls du deinen Rechner komplett umrüstes, würde ich auf PCI-E setzen. Somit hat man eine bessere Aufrüstmöglichkeit, die Karten sind meist etwas billiger und man bekommt sie billiger.
Die Auswahl an aktuellen Karten für PCIe ist größer. X700Pro, 6600GT und hoffentlich bald X800 und X800XL.
Bei AGP hast du im Prinzip nur die 6600GT, von den "Next-Generation"-Mainstreamkarten.
Nachteil von PCIe ist allerdings, dass für AMD-Prozzis noch keine Boards verfügbar sind. Wenn du also noch 3-4 Wochen warten kannst, würde ich ein PCIe-System bauen.
Wenn es finanziell geht, oder sein muß, würde ich auf PCIe umsteigen. AGP-Karten gibt es zwar noch immer ne ganze Weile, aber Du bist mit einem passenden Board (evtl. sog. mit SLI-Fähigkeit) einfach auf der (zukunfts-)sicheren Seite. - Und die PCI-Karten sind, wie oben schon gesagt wurde, oftmals sogar günstiger.