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Mit dem Acrobat Distiller geht das!
Da gibts die Funktion "TouchUp-Textwerkzeug"!
Wie das allerdings bei anderen kostenlosen PDF-Druckern oder nur dem Acrobat Reader aussieht, weiß ich nicht!
ein direktes Bearbeiten ist imho nicht direkt mit PHP möglich.
Sollte es aber nur um die Auslieferung eines PDF-Dokuments mit dynamischen Daten gehen, so kannst du das Standard-Gerüst ja auch im Roh-Format speichern, dann mit den dynamischen Inhalten vervollständigen und erst danach mit der FPDF-, PDFlib- oder ClibPDF-Bibliothek daraus ein PDF-Dokument generieren.