Beratung: Erlernen Linux und R für Fachfremden (Sequenzierung)

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tenax4

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• 10. Januar 2017

• #1

Hallo Gemeinde,
ich muss berufsbedingt mich in Zukunft mit Linux Systemen und R beschäftigen.
Könnt ihr mir Bücher / Kurse empfehlen um mir dies anzueignen.

Ich sollte einen PC für die Software bcl2fastq2 mit RedHat Enterprise Linux 5 einrichten (zlib, librt, libpthread).
Desweiteren sollte ich fertige R Scripte einbinden können um meine Daten auszuwerten.

Habt ihr da ein paar Ideen?

Vielen Dank für eure Hilfe
tenax4

 

Zuletzt bearbeitet: 10. Januar 2017

Rossie

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• 10. Januar 2017

• #2

Soll es ein dezidierter Rechner sein oder würde auch eine VM reichen? Wenn noch gar keine Erfahrungen mit Linux bestehen, würde ich aber ohnehin erst einmal mit einer VM testen. VirtualBox bietet sich für den Anfang an.

Ansonsten muss man für R wohl ein zusätzliches Repository einrichten:
http://superuser.com/questions/1121094/trouble-installing-r-on-rhel-5-3-tikanga

 

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tenax4

Lieutenant

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• 10. Januar 2017

• #3

Ich glaube ich kann kein VM nutzen da die Anforderungen der Software zu hoch sind.
Mein Pc ist ein Xeon E5-1620 mit 32 GB und es läuft Win7 64bit.

Network Infrastructure: 1 Gigabit minimum.
Server Infrastructure: Single multiprocessor or multicore computer running Linux.
Analysis Computer: Run software on the Linux operating systems only.
Memory: 32 GB RAM.

 

Rossie

Commodore

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• 10. Januar 2017

• #4

Wie gesagt, wenn noch gar keine Erfahrungen mit Linux bestehen, würde ich die Installation erst einmal in einer VM ausprobieren. Das ginge adhoc. Ansonsten muss wohl erst ein Rechner beschafft werden? Für erste Tests sollte Dein Bolide ausreichend Ressourcen bereitstellen.

Hier wird die Installation in VirtualBox gezeigt:
http://www.sysprobs.com/install-ora...box-32-windows-7-host-guest-additions-working

Hier ein Video zu dem Procedere:
https://www.youtube.com/watch?v=4wbu6N15MJg

 

master_0815

Lieutenant

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• 10. Januar 2017

• #5

Schau dir Cloud-Academy an. Da findest du zu allem möglichen sehr hochwertige Kurse (Videos und Labs). Auch udemy kann da sehr empfehlenswert sein. Die Bewertungen dort entsprechen auch der letztlichen Qualität der Videos.

Udemy kostet (mit verschiedenen Geräten probieren einen Kurs zu kaufen - meistens kostet die am Rechner 200 USD, am Handy nur 20 wegen Rabattaktion oder so - die verarschen einen da ganz schön)

Cloud-Academy kannste eine Woche kostenlos nutzen.

Habe mich mithilfe der beiden in sehr kurzer Zeit auf eine AWS Zertifizierung vorbereitet und das hat sehr gut geklappt.

 

DekWizArt

Commander

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• 11. Januar 2017

• #6

Und wenn möglich setz Dich auch privat mit dem Thema auseinander, so viel wie möglich. Unterscheidet sich eben doch deutlich von Windows.
Viel Spaß!

 

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tenax4

Lieutenant

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• 12. Januar 2017

• #7

Vielen lieben Dank für Eure Unterstützung.
Ich werde zu Hause einen 2. Rechner mit Linux ausrüsten und die Tutorials für R und Linux im Netz durcharbeiten.
Vielen Dank