VLC ist allgemein bei vielen beliebt, weil es sehr gut arbeitet, opensource ist und nichts kostet.
Wenn dort mal Fehler geschehen, sieht man logischerweise eher drüber weg, als wenn man für die Software schon viel Geld hingelegt hätte.
Aber ich denke mal, allein schon weil es opensource ist, wird es sehr schnell neue Binaries geben für den VLC und das Problem ist passé.
Nebenbei gibt es sicherlich viele Meckerer über MS, die meckern, auch wenn es unnnötig ist. Aber ohne jede Frage macht MS auch eine ganze Menge Zeugs, das sehr fraghaft und kritikwürdig ist.
Zu deinen Fragen: bei der Installation kannst du einstellen, ob sich der VLC in die Browser eintragen soll, um bestimmte Formate widerzugeben. Falls das bei dir der Fall ist, könntest du Probleme bekommen.
Und ich bezweifle, dass eine Antiviren Programm erkennen kann, dass der von VLC ausgeführte Code (so sieht es ja für das AV-Programm im Endeffekt aus) schadhaft ist.