Eine Quelle kann ich dir nicht an die Hand geben, das sind einfach nur Erfahrungswerte. Teste es aus, ich kann dir versichern, dass es so ist.
Es geht ja nicht darum, dass das Betriebssystem nicht weiß von welcher Festplatte das BIOS zuerst versucht zu booten. Das ist irrelevant, das braucht es nicht zu wissen. Es geht darum, dass die Laufwerke bzw. Kontroller und deren Ports immer in einer festen Reihenfolge initiiert werden, die man (abgesehen vom deaktivieren ganzer Kontroller oder einzelner Ports) nicht beeinflussen kann, und Windows bei der Installation die Bootdateien immer auf das zuerst initiierte Laufwerk mit bootfähiger Partition ablegt.
Beispielsweise werden bei Hauptplatinen mit nativem PATA-Kontroller die PATA-Ports in der Regel vor den SATA-Ports initiiert. Steckt nun eine PATA Festplatte (mit bootfähiger 'Primärer' Partition) und eine SATA Festplatte, auf der Windows installiert werden soll, im System, landen die Bootdateien auf der PATA Festplatte.