Der größte Unterschied liegt darin, dass Visual Studio 2008 auch .NET Framework 3.5 und 3.0 Anwendungen erzeugen kann und Visual Studio 2005 nur .NET 2.0er Anwendungen und leider macht das Visual Studio 2008 auch standardmäßig 3.5er. Wenn du das nicht in deinem Projekt umstellst, benötigt der Rechner, auf dem du deine .exe Datei laufen lassen willst ebenfalls das .NET Framework 3.5. Aus diesem Grund beschränke ich mich meistens auch noch auf das .NET Framework 2.0, weil das eben auf einem Kundenrechner doch ein deutlicher Eingriff in das System ist ein neues .NET Framework zu installieren (2.0er hat sowieso fast jeder schon oben), gerade auf einem fremden Server würde ich das nicht machen.
Weiters können die Projekte von älternen Versionen mit einem Klick in die neuere Version konvertiert werden, aber umgekehrt ist das nicht mehr möglich. Wenn du also ein Projekt mit Visual Studio 2008 machst, so kannst du es auf einem Visual Studio 2005 nicht mehr öffnen. Du kannst dann die Source Files manuell kopieren und einbinden, was bei größeren Projekten besonders lustig ist. Wenn, dann solltest du also einheitlich fahren, also entweder nur daheim entwickeln oder in der Schule und daheim das 05er.
Das Visual Studio 2008 braucht auch mehr Ressourcen, als das 05er, jedoch ist das Syntax Highlighting etwas besser/performanter und du hast wie gesagt die neuen Funktionen vom .NET Framework 3.5 zur Verfügung und kannst z.B. LINQ Queries durchführen. Wenn du jedoch gerade erst anfängst, so würde ich davon sowieso einmal die Finger lassen.