Du selbst kannst an der Stelle nicht direkt was drehen an den Farben. Du kannst deine Ausgabe lediglich in verschiedene Ströme ausgeben (Standard-Ausgabe, Fehler-Ausgabe). Je nach Konsole werden Fehlerausgaben dann rot dargestellt - das regelt aber alles die Konsole selbst. Was an der Stelle gerne gemacht wird, ist stattdessen ein Präfix zu verwenden, so dass die Meldungen dann in der Form erscheinen:
Farben anpassen geht so nicht mal eben ohne weiteres...
Meines Wissens ist dies aber JCurses möglich: http://sourceforge.net/projects/javacurses/ , allerdings auch mit ein bisschen Aufwand. Ist prinzipiell ein Toolkit wie Swing oder AWT, eben aber nur für UNIX.