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Ich hoffe du meinst die Matrix für die Quantisierung, wenn ja, dann wäre bei einer ausreichend hocher bitrate die MPEG (ab 1200kbps bei Full-SD Auflösung) eine gute Wahl.
MPEG-Matrix sorgt oft für ein etwas schärferes Bild im gegensatz zu H263, dafür kostet aber einen auch mehr Bits.
Ich Persönlich würde bei MPEG4-ASP, die HVS-Better-Matrix verwenden und bei MPEG4-AVC die Standard Flat-Matrix.
Ansonsten würde ich dir empfehlen, einfach mal zu testen welche die bessere Ergebnisse erzielen tut.