Du könntest z.B. den Bootloader von Windows auf Partition 1 hauen, Windows auf Partition 2, Bootloader von Linux auf Partition 3 und Linux auf Partition 4. Anschließend encryptest du Partition 1 und 2 mit True Crypt und stellst Pre Boot Authentication ein. Anschließend installierst du Linux. Keinen Bootmanager installieren bzw, Linux vor Windows installieren bzw. den Windows Bootloader vor Installation von TC wiederherstellen bzw. den Linux Bootmanager als default verwenden! Du konfigurierst Linux mit einem verschlüsselten LVM. In den Windows Bootmanger fügst du einen Eintrag für Linux auf Partition 3 hinzu. Das selbe geht natürlich auch, wenn du den Linux Bootmanager als Standard verwenden möchtest.
Das ganze läuft dann so:
Startest du Windows, kommt zuerst der TC Bootloader der den von Windows starten. Bei TC gibst du das TC Passwort ein. Startest du Linux kommt ebenfalls zuerst der TC Bootloader, wo du das gleiche Passwort eingibst, anschließend kommst du zum Linux Bootloader, welcher dich nach dem Passwort fragt (kann das gleiche wie bei TC oder ein anderes sein). Damit hast du in einem PC beide Systeme verschlüsselt.
Alternativ beides auf jeweils anderen HDDs installieren und beim Booten z.B. mit F11 auswählen, von welcher HDD du booten möchtest. Damit kommt z.B. standardmäßig Windows und wenn du eine andere HDD auswählst die TC-Abfrage vom Linux System. Du musst jedoch aufpassen, dass dir die Installation von TC in Windows nur auf die HDD1 schreibst und die Installation von TC in Linux nur auf HDD2. Das könntest du z.B. machen, indem du zur Installation die jeweils andere Festplatte ausbaust.