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Wenn du über den Exchange Server deine Mails, Kontakte, Kalender und Erinnerungen (in Outlook: Aufgaben) synchronisierst, kannst du die entsprechenden Optionen unter iCloud deaktivieren.
Ich habe zu Anfang ebenfalls alles über den Exchange-Server meiner Uni gesynct, allerdings finde ich es mittlerweile sinnvoller, alles bis auf die Mails über iCloud zu synchronisieren, weil man deutlich mehr Features nutzen kann - Ortsbezogene Erinnerungen (iPhone 4 & 4S), Kontaktbeziehungen (Siri -> Ruf meinen Bruder an; Schreib meiner Frau ...), etc.
Doppelte Einträge, gerade bei den Kontakten, gibt es aber meines Wissens nach nicht, wenn du beide Möglichkeiten parallel nutzt - das beispielsweise bereits vorhandene Exchange-Kontakte ebenfalls noch in die Apple-Cloud geladen werden.
Falls du einen Tipp suchst, wie du deine Exchange-Kontakte in die Cloud umziehen kannst, schau doch mal hier: Link