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Klingt logisch in der Theorie, es kann natürlich auch sein, dass die 2te Karte durch den 4x Slot gebremst wird. Das kann ich dir nicht sagen ob das so ist.
Hast du schon mal die Treiber der Grakas sauber deinstalliert? Also alles von ATI/AMD runter neustart und wieder installieren? Das könnte evtl. noch helfen.