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Selbst installiert habe ich 3 Programme per Flatpak, der Rest stammt von der Mint Standardinstallation.
Ich hab jetzt den alten Gnome Mist von Hand gelöscht, ging problemlos.
Was ich aber jetzt nicht verstehe, der alte Kram wurde von keinem Programm mehr verwendet, warum wird das dann, wenn eine neuere Version installiert ist, nicht einfach gelöscht?
Zunächst einmal ist es so, das Linux Mint keine Flatpak-Programme vorinstalliert hat.
Die apt / apt-get Befehle sind hier offtopic, weil Flatpaks sind eine Parallelwelt neben der normalen Paketverwaltung.
Fast alle Flatpaks, die ich bisher probiert habe, werden gut gepflegt; das beinhaltet auch das Anheben auf höhere Runtimes, z.B. Gnome 3.36 -> 3.38 oder Kde 5.14 -> 5.15