Du verwendest einen veralteten Browser. Es ist möglich, dass diese oder andere Websites nicht korrekt angezeigt werden. Du solltest ein Upgrade durchführen oder einen alternativen Browser verwenden.
Du mahcst einfach einen Rechtsklick auf die betroffenen Ordner und sagst "Diesen Ordner komprimieren" oder wählst diesen Befehl unter "Datei" aus, um alle Ordner zu komprimieren. Anscheinend werden die alten Mails nur als gelöscht markiert, aber physisch nicht gelöscht.
Je nach Mailboxformat, ist z.B. der Trash, oder die Inbox eine einfache ASCII Datei (also eine Textdatei), in der chronologisch Mails abgespeichert werden, d.h. das "Ordner komprimieren" reorganisiert diese Datei, der durch gelöschte Dateien freigewordene Speicherplatz wird auch tatsächlich freigegeben. Die Größe der Ordner können natürlich variieren wenn Du die Ordner umstrukturierst u.ä.
Warum das Thunderbird allerdings so aufbläht... keine Ahnung.
Allerdings verwende ich ohnehin den liebgewonnen Moz Client aus der Suite.