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Ja das geht natürlich. Du bist bei Visual C++ ja nicht an .NET gebunden - sog. Managed C++ bzw. C++/CLI, sondern kannst auch normale ISO C++ anwendungen schreiben. Im VS9 kannst du bei der Projekterstellung unter anderem zwischen "CLR" (Common Language Runtime) und "Win32" wählen. Win32 ist das was du suchst.