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wenn ein Programm manchmal 44100Hz und manchmal 48000Hz Streams ausgibt und ich das ganze aber immer als 48000Hz Wav Datei mitschneide hat das Audiotechnisch irgendwelche Nachteile bzw. Auswirkungen auf die Klangqualität?
Aus der Perspektive "Ich will die bestklingende Audio-Spur" solltest du jede zusätzliche Wandlung eines Signals vermeiden, weil jeder Wandler (ob Hardware oder Software) beim Konvertieren den Klang auch verändert. Dieser 'Verlust' wiegt in deinem Fall den Qualitätsvorteil von 48 kHz gegenüber 44,1 kHz nicht auf.
Es wäre vorteilhaft, wenn du durchgängig 48 kHz beibehältst - oder 44,1.
Aus deiner Beschreibung schliesse ich, dass es bei dir um Software-Konvertierung geht. In diesem Fall solltest du deine Aufmerksamkeit auf die dabei verwendeten Codecs richten und zu ihren Qualitäten und Defiziten im Netz recherchieren.