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Ich glaub, du erliegst dem klassischen XY-Problem.
Nein, man kann nicht aus einem Skript heraus Dateien markieren, weil das Skript (normalerweise) nicht mit der GUI interagiert. Ich bezweifle allerdings, dass Markieren das ist, was du schlussendlich mit den Dateien vorhast. Es kann also noch immer gut sein, dass deine eigentliche Absicht sich per Batch lösen lässt.
Kannst du noch ein paar mehr Infos geben, was du mit den Dateien tun willst?