Geh doch mal in die Einstellungen von Firefox, da auf Inhalt>Dateitypen, dort kannst Du einstellen, wie sich FF verhält wenn bestimmte Dateien gefunden/geladen werden. Evtl könntest Du da etwas regeln/umstellen, musst Du mal testen, schreib Dir aber auf was Du änderst.
Du rufst die Batchdatei auf (öffnen mit), die Batch musst Du aber dann umbenennen in eine *.com Datei, sonst kannst Du sie nicht auswählen, weil nur Anwendungen auswählbar sind, also die Endung *.bat in *.com ändern.
Vorher schreibst Du in die Batch rein, was gemacht werden soll, also erst die *.pdf öffnen, dann die auszuführende Aktion der Batch.com starten.