Ob du das Mainboard ausbauen solltest hängt von deiner Erfahrung, dem Gehäuse und dem Lüfter ab.
So wie du dich beschreibst wäre ein Ausbau tendenziell ratsam.
Da gilt erst recht, wenn du wahnsinniger Weise zum "Dark Rock 4 Pro" greifst
Im übrigen gibt es noch ein Nebenproblem:
Die Boxed Lüfter sind oft wie verklebt mir der CPU. Wenn es blöd läuft, ziehst du die CPU trotz geschlossenen
Sockel mit raus. Sprich : Es ist besser - je nach Möglichkeit - den Lüfter mit einer seitlichen Bewegung von der CPU zulösen.
Das alles ist für Ungeübte einfacher wenn das MB auf einem Tisch liegt ... just my 2 cents.
( Aber wer weiß ... nach geschätzt 15.000 Rechnern kann ich das vielleicht noch nicht richtig einschätzen

)
Zum entfernen der Wärmleitpaste ...nehme ich meist (trockene) Papierhandtücher ..nur nicht zu weich ...
also kein "4 Lagen Tissue mit Aloe-Vera"

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Je nachdem was für eine CPU du hast ( TDP/Watt ) ... reicht möglicherweise auch ein weniger
mächtiger Lüfter als ein Arctic Duo der bis zu 2100 Upm hinlegt.
Und da die Lüftersteurung im Bios durchaus unterschiedlich ist
( Meine persönliche Rangfolge bzgl der Lüftersteuerung Gigabyte -> MSI ........... --> Asus )
macht es möglicherweise Sinn einen Lüfter zu wählen der von vornherein nicht so hoch drehen kann
z.B. Pure Rock 2 -> 1500 Upm.
Aber das hängt von der CPU und dem MB ab
( eine Software zur Regelung zu verwenden ist IMHO immer nur die zweitbeste Lösung )