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NTFS ist die eindeutig bessere Wahl und True Image unterstütz NTFS. NTFS kann aber von Win 98 / 98SE / ME und ältere nicht gelesen werden, falls du die Festplatte noch anderweitig verwenden möchtest
Aus Sicht der Sicherheit ist es bestimmt ratsam, NTFS zu wählen. Sowohl was den Absturz angeht, als auch die Zugriffsrechte der User.
Klar ist mit dem guten alten Win9x da kein Staat mehr zu machen. Aber braucht man das heute noch? Und wenn ja, geht es nicht auch anderes. Die Knoppix-CDs können alle mittlerweile NTFS lesen und auch schreiben. Sonst würde die c't-CD mit den drei Antivirus-Tools aus diesem Jahr keinen Sinn machen.
Und in einem der letzten PC Magazin(e) war auch eine Version des DOS Tools NTFSDOS (oder so) als Vollversion dazu. Damit kann man sein DOS-Boot-CD tunen und hat dann auch aus der Umgebung Zugriff auf NTFS, lesend und schreibend.