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jEdit ist nur eine winzige Randerscheinung in der Java-Welt, daher wirst du nicht viele Antworten bekommen. Eclipse und IntelliJ dürften mit großem Abstand führend sein und hier und da gibt es wohl auch Anhänger von Netbeans. Das war es dann aber auch schon, zumindest nach meinem Wissensstand.
Edit: ach, überlies einfach mein Gebrabbel. Ich hatte mich für einen Moment vom j blenden lassen und es für eine reine Java-IDE gehalten.
eclipse und netbeans sind doch auch keine reinen java ide's.. aber das jEdit sieht schon hart unpraktisch aus.. wenn man einen sehr guten schnellen editor und keine ganze ide braucht dann geht eh nichts über sublime text 2