Stimme Hayda Ministrel zu, dass sich bei Multi-Boot am Ende meistens eh eine Umgebung durchsetzt. Nur um ein Backup-System zu haben, dafür lohnt sich der Aufwand nicht, dazu dann lieber regelmäßige Backups des Systems und vor allem der Daten machen. Backups sind so oder so Pflicht, wenn dir die Daten wichtig sind. Denn neben Viren gibt es auch andere Möglichkeiten, diese zu verlieren... Defekte und, was man auch nie unterschätzen darf: Eigenes Verschulden.
Grundsätzlich: Sollte ein System mal von Viren befallen sein, empfiehlt es sich, diesem System so oder so nicht mehr zu vertrauen und es zu löschen. Selbst wenn der Schädling entfernt wurde, weißt du nicht, was er noch am System alles konfiguriert hat usw.
Das Scannen von einer Umgebung wie desinfec't heraus hat vor allem den Vorteil, dass ein Virus (sofern er nicht im UEFI sitzt...) in dieser Umgebung nicht gestartet wurde und er sich damit nicht verstecken kann. Soll heißen: Dass der Schädling überhaupt gefunden werden kann. Das Entfernen des Schädlings ist zwar auch sinnvoll, um eben weitere "Schäden" erst mal zu vermeiden, aber sollte nicht als Lösung angesehen werden.
