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Mich würde mal interessieren, wie Online-Shops die überwiesenen beträge von Kunden abgleichen, d.h. dies wird ja automatisch gemacht, wie machen die dies? Mit PHP oder gibts dafür Programme?
Je nach Zahlungsart kommen da Zahlungsmodule zum Einsatz. Die wickeln den Transfer ab. Das ist in der Regel nichts, was man selbst programmiert (PHP). Man sprich einen Service an oder verwendet ein Tool über eine API. So genau kenne ich mich da aber auch nicht aus.
Man kann z.B. die Kontoauszüge im CSV-Format von der Bank downloaden.
Die CSV Daten werden im PHP ausgelesen, und mit der lokalen Datenbank mit den Bestellungen abgeglichen.
Eventuell stellt deine Bank auch eine SOAP Schnittstelle zur Verfügung.