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Nach dem Rooten den Counter mit Triangel Away zurück setzen und dann wieder ein StockRom von Sammobile per Odin flashen und schon hast du wieder ein "sauberes" S3.*
Root entfernen und danach per Kies Update durchführen (OTA und Root klappt meistens nicht, da eben die SW modifiziert wurde - per Kies ging es bei mir schon öfters trotz Root und Allem, weil Kies radikal seinen Willen durchsetzt )