Wundert mich jetzt ehrlich gesagt, denn der Installer lässt eigentlich sogar das schreiben einer komplett neuen Partitionstabelle zu und ist sehr mächtig. Bei mir gab es z.b. nie Probleme selbst bei den größten Install-Origien, ich konnte mein Linux immer dahininstallieren wo ich es wollte.
Wie bist du denn vorgegangen? Das mit der "OS-Festplatte" mache ich genauso. Also in meinem Fall Arch, Kubuntu, Win7.
Edit: Ich nutze immer den Menüpunkt
Manuell auswählen (oder so ähnlich). Aber Vorsicht, das erfordert Kenntnisse der Linux- Partitionsbezeichnung, hier gibt es kein C:, D: oder so die Partitionen werden /dev/sda1, /dev/sda2 benannt, wobei /dev für Device steht, also für alles was Festplatte oder andere Laufwerke ist. "sd" ist dann die Kennzeichnung für SATA-Festplatten, IDE-Festplatten erhalten ein "hd". Das "a" steht für die erste Festplatte am ersten SATA-Anschluss und die Zahl am Ende bezeichnet die Partition. Das kann je nach Partitionstabelle aber verwirrend sein. /dev/sda1 ist meistens für Windows Reserviert.
Am besten löscht du die Partition mit Windows-Boardmitteln und erstellst dann mit dem Ubuntu-Installer eine neue Partition in die du Installieren kannst.
Und bitte melde dich, falls du dir unsicher bist, Datenverlust ist schnell erreicht und hinterher ist man immer schlauer.
Hier
http://wiki.ubuntuusers.de/Partitionierung/Grundlagen
ist das ganze noch mal schöner erklärt
