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sobald sich was an dem Archiv verändert lädt es Dropbox eh neu hoch da es für Dropbox eine neue/andere Datei ist ... also kannst du es auch entpacken und neu packen
Beim Verschlüsseln ändert sich ja der komplette Inhalt. Du musst den kompletten verschlüsselten Inhalt eh neu hochladen.
Außerdem ist der unverschlüsselte Inhalt ja schon außerhalb deines Einflussbereichs.
Du musst die alte Datei im Webinterface löschen, sonst speichert Dropbox die Datei einen Monat unverschlüsselt und wiederherstellbar weiter.