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Ganz einfach: mit was sind die Filme komprimiert worden? Bei Flask MPEG ist ein Bug im MP3-Codec bekannt, der genau diesen Fehler produziert: der Ton ist zeitverschoben, und zwar mit zunehmender Dauer des Filmes immer mehr. Das nachträglich zu korrigieren dürfte nicht ganz einfach werden, vielleicht lässt sich da mit Adobe Premiere was machen, habe ich aber noch nie probiert. Ach ja: umgehen lässt sich das Problem, indem man bei FlaskMPEG den Ton erst einmal unkomprimiert lässt (d.h CD-Qualität 44kHz) und diesen dann nachträglich mit Vob Dec komprimiert, dann funzt's.
versucht mal die files ins mpg format mit tmpegenc 2.55 umzuwandeln.....ist der ton konstant über den ganzen film verschoben einfach den versatz mit einer stoppuhr messen und dann beim umwandeln im 2. fenster des wizzards unter "source range" einfach den ton verschieben. nicht vergessen den endframe zu setzen.