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Ich behaupte mal, dass das nicht automatisch gemacht werden kann.
Einzige Idee:
Wenn du weißt welche Dateien durch den Hotfix ersetzt werden, kannst du die "gefixten" Dateien durch die Originaldateien der Win2k CD "zurückersetzten".
Durch eine Reparatur-Installation. CD einlegen booten - installieren - windows reparieren. Danach sind ALLE Updates weg.
Ansonsten findest du vielleicht noch im Windows-Ordner die Sicherung der alten Dateien. Das hilft dir aber nur etwas, wenn nur der Eintrag in Software gelöscht wurde. Manche Updates kann man schlicht nicht rückgängig machen, Systemwiederherstellung mal ausgenommen.
ich persönlich glaube, dass man Updates/SP's, die nicht unter der Systemsteuerung->Software aufgeführt sind, nicht mehr deinstallieren kann - Hotfixes und Service Packs ersetzen gnadenlos - nur wenn man vorher ein Backup (wie bei SP4 möglich) wählt, kann man die Installation rückgängig machen. Ich weiss allerdings nicht wie, weil ich
a) noch niemals das Backup gemacht habe
und
b) noch niemals Probleme nach meinen Updates hatte
Eventuell lohnt es sich für Dich, einfach mal nach der Neuinstallation ein Image zu erstellen mit (Drive Image oder Norton Ghost) und bei auftretenden Problemen die ganze Partition wieder auf den Standpunkt der Neuinstallation zu bringen.
Wie installierst Du denn Dein System? Vielleicht machst Du ja einfach was in der Reihenfolge falsch? Wie gesagt: Ich als alter und treuer Win 2000 User hatte noch nie ein Problem und das trotz ständig wechselnder Hardwarekomponenten.