wasserkühlungen haben einen vergleichsweise großen anschaffungspreis. ein einzelner wasserkühler (z.B. für die CPU) kostet etwa genauso viel wie ein guter luftkühler, aber da kommen dann noch weitere komponenten dazu: radiator, pumpe, ausgleichsbehälter, anschlüsse und schläuche.
noch ein problem der wakü ist die wartbarkeit: es schadet nicht, ab und zu das wasser zu tauschen. das ist aufwand, den man bei einer luftkühlung nicht hat.
außerdem muss man viel fummeln, wenn man mal eine mit wasser gekühlte computerkomponente austauschen will: da muss man meist auch das wasser (z.T.) ablassen und hinterher neues einfüllen. ist halt auch aufwand.
die kühlleistung ist dagegen meistens auch besser als bei einer gewöhnlichen luftkühlung.
mein radiator hatte mal einen kleinen schaden (loch im kanal - mein fehler beim basteln - hab ich dann zugelötet) und da ist wasser ganz ganz langsam auf meine grafikkarte getropft. das wasser hat aber nichts daran beschädigt. es kann also durchaus mal passieren, dass das system undicht wird und wasser austritt. dadurch, dass man destilliertes wasser benutzt und das strom nur schlecht leitet, kann es halt vorkommen, dass die hardware durch kleine wassermengen nicht kaputt geht. aber trotzdem sollte man halt aufpassen, dass sowas nicht passiert - kaputt gehen könnte eigentlich immer etwas.
ich selbst rate immer zu luftkühlung, weils einfach günstiger ist und erheblich weniger aufwendig. wenn man aber spaß am friemeln hat und geld weniger ne rolle spielt, kann ne wakü sinn und spaß machen. die kühlleistung ist (wenn mans nicht falsch macht) besser.