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Dann übergibst Du den Handle für das neue Fenster in eine "Variable" und nutzt diese dann um das Fenster zu schliessen. Funktioniert aber nur, wenn Du das Fenster "selbst" geöffnet hast...
<html>
<head>
<title>Unbenanntes Dokument</title>
</head>
<script type="text/javascript">
function tester1(){
F1 = window.open("datei.htm","Fenster1","width=310,height=400,left=0,top=0");
}