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Ich kenne mich mit Onboard-Grafik zwar nicht gut aus, aber ich glaube, dass der einzige Weg zum Deaktivieren über das BIOS führt (wenn nicht bitte nicht schlagen!).
eigentlich sollte sich die On-Board-Karte selbstständig deaktiviren, wenn eine AGP oder PCIe Karte im Rechner steckt. Solltest nun mal nach sehen, ob du im BIOS was findest, in dem steht, welche Graka beim booten als erste angesprochn wird. Das dann richtig rum ändern.
in der regel braucht man bei neueren boards nichts mehr einzustellen, da diese per default so eingestellt sind, dass sich die onboard ausschaltet sobald eine externe graka eingesetzt wird. da braucht man auch im bios nix rumfuddeln.
ansonsten wäre es gut wenn du sagst was für ein board du hast oder im handbuch des boards in den bios einstellungen nachliest wie die onboard grafik eingestellt ist.