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Hatte das selbe Problem. Du findest die mails unter C:/Dokumente und Einstellungen/dein Profilname/Anwendungsdaten/Opera/Opera/Mail/Accounts.ini
Nutze die Importfunktion von Opera (Datei/Import.../e-mail importieren) und suche nach dieser datei in diesem Ordner. Danach sind Deine Konten wieder da.
Ich möchte Anmerken, dass ich meine mails per imap verwalte, d.h. sie verbleiben bis zum löschen auf dem e-mail-Server. Dadurch werden sie nicht gelöscht, auch wenn ich den Browser oder das Mailprogramm wechsele oder sonst irgend einen Blödsinn mache, der mein Mailverzeichniss löschen könnte. Mein mails sind deswegen auch wieder da. Wie das möglicherweise bei POP3 aussieht, weiß ich nicht.
Scheint aber ein Fehler bei Opera zu sein, jedenfalls hatte ich das bei den bisherigen Updates nicht.