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Probier doch mal ein anderes Programm zum hochladen.
Das mit den leeren Zeilen hat glaub ich was mit der Übertragungsart zu tun. Da fügt das Programm dann manchmal einen Zeilenumbruch ein (also z.B. im Quellcode einer HTML-Datei), wenn man die Datei vom FTP runterläd; dürfte in deinem Fall nicht das Problem sein.
Kenn mich nicht sonderlich mit PHP aus, aber ist nicht in der php.ini die maximale Dateigröße für einen Upload vorgegeben? Vielleicht ist da 1 MB eingestellt.