Ich hatte ein aehnliches Problem. Unter Tausenden von Fotos (JPGs) waren ein paar korrupte Dateien.
Ich hab es nur per Zufall bemerkt, weil die Bild-Vorschau im Windows-Explorer nicht funktionierte.
Um massenweise Dateien auf Konsistenz zu pruefen ("Ist das JPG wirklich ein gueltiges JPG?" - "Ist das ZIP-File wirklich ein gueltiges ZIP-File?") hilft in der Tat nur entweder ein Vergleich mit Kopien, bei denen man weiss, dass sie ok sind (ggf. auf dem Backup-Medium), wie hier schon vorgeschlagen wurde,
oder halt ein Programm, dass solche Dateien kennt und die interne Datenstruktur auf Gueltigkeit pruefen kann.
Natuerlich kennt z.B. ein Bildbetrachter den Aufbau eines JPGs oder ein Packer das ZIP-Format und meckert entsprechend bei einer korrupten Datei, aber eine Funktion fuer den "Massen-Konsistenzcheck" haben diese Tools ja meist nicht...
Wenn es sowas gaebe, vllt. mit Plug-Ins erweiterbar um verschiedene Dateiformate, dann waere das eine wirklich tolle Sache!

Die Algorithmen sind ja meist schon vorhanden - Packer haben ja meist eine Check-Funktion fuer Archive...
Gruss,
Azze