Du kannst beliebige Programme in der Sandbox ausführen, auch Setups. Die damit installieren Programme existieren dann eben nur in der Sandbox. Problem könnte dann nur sein, wie man das hinterher starten will....
Sandboxie leitet alles um (Dateizugriffe, Registry, etc), das landet dann in dem Ordner, den du eingestellt hast. Das Problem ist eben, ein Programm von da aus wieder aufzurufen, weil ja die Pfade dann nicht stimmen...
Es könnte funktionieren, wenn mal einen Explorer in der Sandbox ausführt, den dann zum Pfad des Startmenüs (da siehst du ja dann sowohl die Einträge außerhalb, als auch die in der SB) bringt, und da eine Verknüpfung auswählt.