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@ceddy: Ausblenden ist ja wohl Quark ... die Dateien sind ja dann trotzdem da.
Da du das ohne Admin vermutlich (hab jetzt auch nur mal fix Google befragt) nicht auf Win-Seite lösen kannst, fällt mir nur ein Lösch-Skript ein, das du auf dem Mac laufen lässt. Entweder dann händisch mit dem Sync jedes Mal ausführen oder vielleicht lässt sich das dort auch ins Automount oder das Syncen integrieren.
Alternativ ein Tool zum Syncen nehmen, das dir einen Filter ermöglicht.
thumbs.db und desktop.ini werden von Windows automatisch auf jeder angeschlossenen Festplattenpartition angelegt - das mag man doof finden, macht der Mac aber ganz genauso! Nur dass am mac halt die Windows-Systemdateien angezeigt und die Mac-Systemdateien ausgeblendet werden und an Windows umgekehrt.
Du darfst das gerne hassen, aber dann hasse es bitte beim Mac genauso.