Der Z390 hat alleine bis zu 24 PCIe 3.0 Lanes und dazu kommen die 16 der CPU, dies macht insgesamt bis zu 40 PCIe 3.0 Lanes für die Z390 Plattform.
Doch, kann man nur können nicht beide gleichzeitig Daten mit voller Geschwindigkeit in die gleiche Richtung übertagen, in unterschiedliche Richtungen schon, da PCIe vollduplex ist. Dies ist also im Alltag kein Problem, denn außer wenn man ein RAID 0 betreibt, wird man kaum jemals von beiden SSDs Daten mit vollen Geschwindigkeit in die gleiche Richtung übertragen.
Was im Alltag aber kein Problem ist.
Diese 4 Lanes für die Anbindung des Chipsatzes werden bei Intel normalerweise nicht gezählt, anderes als bei AMD.
Doch, ob die Anwendungen von einer NVMe SSD profitieren, kann ich Dir aber nicht sagen, aber wegen dem was Mihawk90 schrieb, brauchst Du Dir keine Sorgen zu machen, die SMI Anbindung wird keine Bremse sein, dafür brauchen die Zugriffe auf das Betriebssystem viel zu wenig Bandbreite und die Bandbreite wird dynamisch ausgeteilt, DMI wird also erst zum Flaschenhals, wenn beide zusammen mehr Bandbreite brauchen würden als die DMI Anbindung hat, wenn nur eine Daten überträgt, kann sie alleine auch die volle Bandbreite nutzen.