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Mit Virtual Dub geht das - allerdings kann man da die Audiospur soviel ich weis nur als *.wav abspeichern. Die müsstest du dann zusätzlich noch mit einem Konverter zu MP3 umwandeln.
Einfach die Datei in Virtualdub öffnen. Dann oben in der Leiste bei Audio Full processing mode einstellen. Dann bei File Save as WAV auswählen. Damit speichert man dann den unkomprimierten Ton.