Ich habe das selbe Problem. Die offizielle Bezeichnung war wohl "collections", bisher weiß niemand warum das Feature entfernt wurde und ob es adäquaten Ersatz geben wird. Zusammen mit den anderen Problemen, dass nicht unbedingt alle neuen Videos aller abonnierten Channels im "My Subscriptions" Feed auftauchen und dass (bei mir) nur 16 Channels auf der linken Sidebar angezeigt werden (Der Rest rutscht in "more") macht es das fast unmöglich die Übersicht zu behalten.
Erschwerend kommt hinzu, dass bei mir seit ca. einen Monat für manche Channels der counter eingefroren ist (damit meine ich die kleine Zahl neben abonnierten Channels, die sagt wie viele neue Videos seit dem letzten Besuch veröffentlicht wurden). Normalerweise geht die Anzeige auf null zurück wenn man den Channel besucht, bei manchen hängt das aber. Unsubscriben und wieder subscriben behebt das Problem manchmal, aber nicht immer.
Manche Leute benutzen wohl RSS-Reader (man kann die List exportieren), aber ich finde das bietet weder die selbe Funktionalität, noch Komfort. Andere haben ihre abonnierten Channels radikal zusammengestrichen. Was ich auch gesehen habe sind Empfehlungen von "Video Deck" (videodeck.net), dazu kann ich aber nichts sagen. Persönlich weiß ich keine Lösung, ausser wait-and-see. Sonderlich glücklich macht mich dieses Vorgehen nicht, aber was soll man tun. Ich werde wohl nur noch mehr am Apple TV anschauen statt im Browser, das hatte, wie die Mobile Apps, eh nie Collections. Aber das wäre für mich eher ein Grund gewesen das dort nachzurüsten, statt überall zu entfernen.
Auf reddit gibt es auch diverse Diskussionen dazu, dort scheint aber auch niemand Informationen oder Lösungen zu haben.
Vielleicht könnte man eine Chrome Extension schreiben, die die Daten selbst zusammenträgt und verwaltet, aber für den Moment hätte ich noch keine Lust Googles Arbeit zu machen.
tl;dr: Imho weiß niemand warum Collections gestrichen wurden, ob es Ersatz von Google geben wird oder kennt einen geeigneten Workaround.