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Wenn man von IDE auf AHCI umschaltet, wird (keine Ahnung warum) die Bootreihenfolge vertauscht. Auf platz 1 ist dann irgendeine andere Partition, auf der dann eben kein OS drauf ist.
Weil die Platten dann anders erkannt werden, das passiert auch wenn man SCSI und IDE mischt, die Kennung der Anschlüsse mit denen Windows die Platte erkennt geht ja nicht nach den Laufwerksbuchstaben, sondern daran wo sie angeschlossen sind. Mal ein Beispiel wie es bei XP war.
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
Unter W7 stehen die Infos dann im BCD-Store (Boot Configuration Data Store).
Habe dann Windows 7 komplett neu installiert (auf der normalen HDD)
Warum hast Du denn die SSD bei der Neuinstallation nicht drin gelassen und im AHCI Mode installiert oder direkt auf SSD installiert, dazu sollte sie doch wohl gebraucht werden?