Was meinst du genau? Was willst du genau?
Es gibt auch so schon so viele Container (avi/divx, mpg/vob, mov, mp4, mkv, ogg, ts, flv, usw.), da macht einer mehr auch nix mehr. Nur ist Matroska der wohl vielseitigste Container überhaupt, was wohl einer der Hauptgründe ist, wieso der so beliebt ist.
Du gibst diesen Containern die Schuld, für die Inkompatibilitäten? Wo denn? Die meisten derzeitigen SAPs können nicht mal AVC (H.264) dekodieren. Das Unterstützen von einem Container ist dagegen keine große Sache.