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Die unterscheiden sich primär durch die Kühler (und PCBs), manche Karten sind also leiser oder kühlen besser.
Und je nach Temperaturen/VRMs können die Karten dann besser übertaktet werden (ob nun von Haus aus oder manuell).
Man kann aber nicht wirklich sagen "MSI ist immer besser als Asus", es gibt aber relativ viele vergleiche da draußen zwischen den Partnerkarten einer Generation.