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Für alle, die wie ich über Google den Thread gefunden haben:
Es gibt eins Lösung, die hier beschrieben ist: LINK
Mail App starten - Bearbeiten - eine Mail anwählen - "Markieren" Button gedrückt halten - - dann die ausgewählte Mail abwählen - "Markieren" Button loslassen - darauf floppt der "als gelesen markieren" Button auf, anwählen, und alle Mails werden als gelesen markiert.
Funktioniert unter ios6, ipad 3 und iphone 4 einwandfrei. Ich nehm mal an, dass ist kein richtiger Bug, sonder eher die Markierroutine ausgetrickst, da invertiert wird.
Btw - GMX bietet imap nur für Pro, Freemail bleibt außen vor. Da haben sich bei mir aufm "Surf Ipad" auch immer mal 60-70 Mails angesammelt... jetzt ist mir das egal