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Die Grafikkarte lässt sich aber nur im dafür vorgesehenen Slot betreiben und das ist i.d.R. der oberste Slot. Die anderen Slots sind oft nur mit x4 angebunden. Dann halt lieber einen etwas kleineren Kühler nehmen.
Die Graka funktioniert in allen Slots (selbst in x1 Slots, wenn der Slot nach hinten frei ist). Wenn die Graka dann in den 2. x16 Slot gesteckt wird, sind eher 8 Lanes verfügbar. Das würde immer noch dem PCIe 2.0 x16 entsprechen und es gibt somit keinen Unterschied zum obersten Slot.
Nicht zu vergessen das der CPU Sockel wie bei ATX mobos liegt, glaube ich nicht das der erste PCIE slot verdeckt wird.
Micro ATX mobos sind nur 6cm kürzer am unteren Ende oben der externe Anschlußbereich wo auch die CPU sitzt hat genausoviel Platz wie ein ATX mobo.
Hätte schon längst jemand rumgeheuelt das Kühler XY nicht mit mobo Z paßt.
Bei ITX mag das grad mit der suboptimalen Sockelplatzierung bei Intel immer der fall sein aber nicht mit mATX.