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Ganz einfach: Du benutzt genau das Programm, dass Du zum Anlegen der *.mkv benutzt, um die gewünschte Tonspur einzubauen. Was ist daran so kompliziert? Und wieso kommst Du auf einmal auf DVD?
Demultiplexe die DVD mit ProjectX, und schon hast Du die Videospur als Stummfilm vorliegen; jedes halbwegs gängige Authoring-Programm zaubert Dir da eine neue Tonspur dazu, ohne das etwas neu kodiert wird. Aus dem Ergebnis machst Du dann eine *.mkv (wenn nicht sogar das Programm, mit dem Du die *.mkv machst, die neue Tonspur einbinden kann).
glaube ich dir gerne ... mit mkv habe ich mich noch nicht so richtig beschäftigt aber folgende Anleitung gefunden:
"Anleitung demuxing von MKV
1. Downloaden von 'MKVToolnix' http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/downloads.html
(Unicode enabled (Windows NT, 2000, XP or newer) installer v1.6.0)
2. Prog installieren
3. Download von der 'MKVextractGUI' http://www.matroska.org/downloads/windows.html
4. Entpacken (muss nicht installiert werden) und die 'mkvextract.exe' sowie die 'mkvmerge.exe' aus dem MKVToolnix Ordner kopieren und in den MKVextractGUI Ordner kopieren
5. MKVextractGUI.exe starten
6. Über 'Browse' die MKV öffnen (ne Weile warten, hat keine Forschritts/Parsinganzeige)
7. Outputfolder ändern wenn gewünscht und im Trackfeld nur die Streams markieren die man verwenden will (also 1 Audio- und den Videostream ^^).
8. Extract wählen und warten bis fertig (kommt ne msg die man wegklicken muss), Prog schliessen."
Jetzt sollten die Video- und Audiostreams im Ordner vorliegen und du kannst deine Audiospur dazu packen. Alles wieder in im MKV-Container verpacken ... und fertig.