Jetzt ist Linux in Normalbetrieb, oder? Nicht unter RAID, oder ähnliches? Wenn du im RAID verwandelst, kann dein Linux nicht mehr richtig laufen, grub auch nicht. Wenn es sich aber um RAID 1 handelt, könnte Linux noch laufen, Konsequenz ist aber dann wird nur eine Platte zugegriffen. Ich sage mal einfach, nur dein sda läuft, andere wird sdb bezeichnet.
Linux kannst du auch nicht direkt unter deinem Onboard Kontroller laufen lassen. Falls du dualboot machen willst, brauchst du schon ein Programm, das quasi als Treiber dient, heißt dmraid. Mit Fedora kannst du wie gewöhnt installieren, da in Fedora dmraid in Installationsskript schon implementiert ist, aber Debian oder Ubuntu musst du debootstrap benutzen.
Linux empfehle ich neu zu installieren, auf eine andere Platte (Einzelplatte), alles andere könnte man nachträglich mittels dmraid mounten, aber dadurch ist die Installation ist wesentlich leichter.