Hat das Netzteil genug Power um allen Geräten beim einschalten auch genug Saft zu geben, nicht die Wattzahl ist entscheidend sondern das was die Leitungen abgeben, 12V muss auch 12 V abgeben. Sieh mal im Bios nach wie die Werte sind, auch auf dem Netzteil sollte es stehen.
Hast Du auf beiden Platten primäre Partitionen und auf einer der beiden kein System, dann kann es sein, das immer die falsche Platte beim booten angesprochen wird, geht ja sehr schnell. Wähle explizit in den Bioseinstellungen aus von welcher Platte gebootet werden soll und stell ein, Boot other device = Yes oder nimm First=HD0, Second HD1, Third = CD/DVD. mehr kann man nicht versuchen, evtl Biosupdate.
Kannst Du im Bios eine "INT 13" Verzögerung einstellen?
Oder der Batteriekasten hat einen Fehler und das Bios hält die Einstellungen nicht beim ersten booten, erkennt erst dann die richtigen Einstellungen automatisch und macht einen Neustart, dann wird alles erkannt?