Die Bakers werden ja am Ende des Spiels als Opfer dargestellt. Aber ich glaube ganz so unschuldig sind die gar nicht.
Zum einem sind die ganzen Rätselräume im Haus für einen einfachen Hinterwäldler doch ziemlich ungewöhnlich. Das Haus, oder zumindest Teile des Hauses wurden übrigens von George Trevor gebaut, also der gleiche Kerl, der die Spencer Villa im ersten RE-Teil gebaut hat. Das wäre eine Verbindung von den Bakers zu Umbrella. Wahrscheinlich haben sie auch noch einen hübschen Zuschuss von Umbrella bekommen, ich glaub nicht, dass sie sich so etwas sonst hätten leisten können.
Dann noch viel deutlicher ungewöhnlich ist, dass die Bakers ein Biowaffen-Labor unter ihrem Gästehaus haben!
In Verbindung zu deiner Theorie noch eines: Ich habe gelesen, dass man in der Endsequenz des schlechten Endes, die linke Hand von Ethan sieht und diese ist dann völlig geheilt (also es ist keine Naht mehr zu sehen). Auch andere Sachen im Spiel weisen darauf hin, dass Ethan infiziert ist. Zum einem Durchgehend im Spiel die erhöhte Regenerationsfähigkeit (allein schon, dass er den Ursprünglich abgetrennten Arm benutzen kann) und auch die Visionen, die er gegen Ende des Spiels hat.
Wenn er nun Wirklich von einem "neuen Umbrella" "gerettet" wurde, dann könnte es gut sein, dass diese Organisation ihn lieber für ein par weitere Experimente missbraucht, anstatt ihn zu Hause auszusetzen ^^
Da könnte ich mir gut ein Resident Evil 8 vorstellen in dem man als Ethan aus einem Labor entkommen muss (und vermutlich ist da natürlich auch ein Virus ausgebrochen
)